Gli attuali abitanti del Giappone non sono gli originari abitanti dell'arcipelago, ma sono migrati dalla penisola coreana in una terra già abitata da un'altra popolazione: gli Ainu. All'inizio la convivenza tra i due popoli era pacifica, ma ben presto gli Ainu cominciarono ad essere sospinti sempre più verso nord e finirono con lo stabilirsi nell'isola settentrionale di Ezo che, in periodo Meiji, venne ribattezzata in Hokkaido.

Sull'origine degli Ainu non c'è una unanimità: ci sono molte teorie ognuna delle quali ha convincenti argomenti a favore. Forse quella prevalente parla di una loro provenienza, in epoca preistorica, dalla Siberia, ma il territorio d'origine, sempre secondo questa teoria, dovrebbe essere l'estremo nord europeo, luogo di origine anche di popolazioni quali gli Inuit, i Sami e gli Indiani d'America che con gli Ainu condividerebbero quindi un'origine comune. Altre teorie parlano di lontane parentele con le popolazioni del Tibet, della Mongolia e perfino con gli aborigeni australiani. Comunque, qualsiasi sia l'origine, gli Ainu e i Giapponesi sono due popolazioni geneticamente diverse. Le differenze non si limitano solo alla morfologia, ma riguardano anche la culture, la religione e il linguaggio: la lingua Ainu, nonostante tentativi di imparentarla con l'antico giapponese, non presenta nessun contatto con le altre lingue asiatiche.
La loro religione è di tipo animista e quindi credono che ogni oggetto ed essere vivente sia dotato di uno spirito. La loro divinità suprema è la Madre Terra.
Popolo di cacciatori si ciba prevalentemente di carne (orso, volpe, lupo, cavallo) e di pesce, ma mai crudi, sempre cotta.

La storia della popolazione Ainu, e i suoi rapporti con i Giapponesi, è piuttosto difficile. A seguito di varie guerre con il Giappone, sono stati spinti sempre più a nord fino all'isola di Ezo. Durante la restaurazione Meiji, l'isola venne annessa al Giappone e il nome cambiato in Hokkaido. La colonizzazione dell'isola fu dolorosa per gli Ainu che vennero perseguitati, discriminati e ridotti ad uno stato di schiavitù, in una situazione che ricorda quella degli indiani d'America.
Nel 1899 venne votata la "Hokkaido Aborigine Protection Act", ma fu solo nel 1991 che il Giappone, su invito delle Nazioni Unite, riconobbe pubblicamente l'esistenza degli Ainu come minoranza etnica. Infine nel 1997 la Dieta votò l' "Act on the Encouragement of Ainu Culture and the Diffusion and Enlightenment of Knowledge on Ainu Tradition".
Nonostante questo però gli Ainu continuano a lamentare, ancora oggi, una persistente discriminazione nei loro confronti.

Attualmente gli Ainu sono per lo più concentrati in alcuni centri dell'Hokkaido meridionale ed orientale dove i turisti hanno la possibilità di visitare musei dedicati alla cultura Ainu nonchè assistera a danze, canti e cerimonie di questo popolo.
Sono circa 150.000 gli Ainu rimasti anche se sono molti di più i Giapponesi che hanno un po' di sangue di questo popolo nelle loro vene. A seguito poi dei molti matrimoni misti, di veri Ainu ce ne sono rimasti oramai pochi.
Oltre ad alcune zone dell'Hokkaido, gli Utari , come gli Ainu preferiscono chiamarsi, sono localizzati, anche se in numero limitato, nel nord di Honshu, nella penisola di Sakhalin, nelle isole Curili e nell'estremità meridionale della penisola del Kamchatka.